Agentura logistiky řídí:
• Centrum zabezpečení materiálem technických služeb (CZMTechSl) - Štěpánov
• Centrum zabezpečení materiálem týlových služeb (CZMTýlSl) - Brno
• Centrum zabezpečení munice (CZM) - Týniště nad Orlicí
• Centrum zabezpečení oprav (CZO) - Lázně Bohdaneč
• Prapor podpory nasaditelných sil (prpodNS) - Rakovník
• Regionální střediska vojenské dopravy (ReStřVD) - Hradec Králové, Olomouc, Plzeň
• Středisko zabezpečení (StřZab) - Stará Boleslav
