Jednotlivé odbory jsou organizačním prvkem Agentury logistiky ve své působnosti. Poskytují a řídí své služby, které jsou jedinečným prvkem v celém resortu obrany.
Agentura logistiky je rozdělena do těchto odborů:
Odbor Akvizic (OA)
Ekonomický odbor (EO)
Odbor vnitřního řízení (OVŘ)
Odbor řízení logistiky (OŘLog)
Odbor technického zabezpečení (OTeZ)
Odbor týlového zabezpečení (OTýlZ)
Odbor zabezpečení letectva (OZL)
Odbor vojenské dopravy (OVD)
Majetková uskupení se dělí na:
MU 1.0 – Potraviny (proviantní služby)
MU 2.1 – Osobní materiál (výstrojní součástky apod.)
MU 2.2 – Letecký (zabezpečení letectva)
MU 2.2 – Zbraně (zbrojní služby)
MU 2.3 – Technika (vojenská přepravní technika)
MU 2.4 – Elektronika a optika
MU 3.0 – PHM (pohonné hmoty a maziva)
MU 4.1– Všeobecný materiál (podpůrná technika, apod.)
MU 4.2 – Stavební a opevňovací materiál (ubytovací služba majetku)
MU 5.0 – Munice (muniční služby)
MU 6.0 – Nehmotný majetek, který se dále člení na 6.1 až 6.4
MU 7.0 – Nemovitý majetek, který se dále člení na 7.1 a 7.2
